ホーム > 研究紹介 > 研究成果 > 研究最前線 2012年紹介分 > スギのマイクロサテライト解析に必要な第二世代の解析フレームワークの構築

ここから本文です。

スギのマイクロサテライト解析に必要な第二世代の解析フレームワークの構築

2012年5月14日掲載

論文名 A second generation framework for the analysis of microsatellites in expressed sequence tags and the development of EST-SSR markers for a conifer, Cryptomeria japonica
著者(所属)

上野 真義・森口 嘉成・内山 憲太郎・伊原 徳子(森林総合研究所 森林遺伝研究領域)、二村 典宏(森林総合研究所 生物工学研究領域)、櫻井 哲也(理研・植物科学研究センター)、篠原 健司(森林総合研究所 生物工学研究領域)、津村 義彦(森林総合研究所 森林遺伝研究領域)

掲載誌

BMC Genomics、13巻136(2012年) DOI:10.1186/1471-2164-13-136(外部サイトへリンク)

内容紹介

次世代シーケンサーの登場により、塩基配列の決定速度は数百倍から数千倍に速まり、膨大な塩基配列情報を収集することが可能になりました。本研究では、我が国を代表する林業樹種であるスギを対象に、次世代シーケンサーを利用して、膨大な遺伝子の塩基配列情報を収集しました。そして、これらの塩基配列情報を解析するコンピュータープログラムのフレームワークを構築し、マイクロサテライト(ゲノム上に存在する反復配列で、数塩基単位の配列の繰り返しからなる)を効率的に解析しました。マイクロサテライトはゲノム中に広く散在しており、普通は中立で共優性を示すことから、集団遺伝学やDNA鑑定のための遺伝マーカーとして利用されています。そこで、マイクロサテライトを利用した新たな遺伝マーカーを効率的に作製するシステムを開発しました。これら遺伝マーカーを利用すると、スギの遺伝変異の解析や有用形質に連鎖する遺伝マーカーの開発を迅速に進めることができます。

お問い合わせ

所属課室:企画部広報普及科

〒305-8687 茨城県つくば市松の里1

電話番号:029-829-8135

FAX番号:029-873-0844